A mediados del siglo XVI llega a estos valles la avanzada de la conquista europea. En 1535 los recorre Diego de Almagro y en 1543 Diego de Rojas. Estas expediciones, de paso hacia el Río de la Plata o el actual territorio de Chile, no produjeron fundaciones ni confrontaciones importantes con los pueblos originarios.
En 1551, la que fuera Ciudad del Barco, en su segundo asentamiento, se establece en las cercanías del actual San Carlos, al sur del Valle Calchaquí, en la actual provincia de Salta, establecimiento que da origen a los primeros enfrentamientos, por lo que debe ser nuevamente trasladada un año más tarde.
En 1558 el Teniente Gobernador del Tucumán, Juan Perez de Zurita funda la ciudad de Londres en la actual Catamarca y se reinician las hostilidades, dado que la fundación de una ciudad española significaba, entre otras cosas, reparto de tierras y alguna forma de sometimiento de los lugareños. Ante nuevas fundaciones y repartos renacen las hostilidades y se forma una coalición de parcialidades diaguitas, humahuacas, lules, ocloyas y chichas, a cuyo frente se pone un carismático líder que tomó el nombre de Juan Calchaquí. Así lo conoce la historia y de él proviene el nombre de estos valles. En algunos documentos españoles aparece con el nombre de “Don Juan de Calchaquí”.
La guerra se desarrolla con suerte diversa, en los combates francos triunfan los españoles, pero los nativos desarrollando una guerra de recursos y desgaste, poco a poco van cercando a los conquistadores, quienes se ven obligados a abandonar el Valle y por tres décadas no pueden retornar. Cuando lo logran, Don Juan ya no estaba en este mundo.
